難揮発性化合物を揮発性化合物に変える誘導体化において、よく用いられるのがトリメチルシリル化(TMS化)です。シリル化は、活性水素を持つ化合物のほとんどに適用できます。各官能基におけるシリル化のしやすさは、アルコール＞フェノール＞カルボン酸＞アミン＞アミドの順になり、アルコール中では、1級＞2級＞3級、アミン中では、1級＞2級の順になります。シリル化剤の強さは以下の順になります。

TMSI＞BSTFA＞BSA＞MSTFA＞TMSDMA＞TMSDEA＞MTMSA＞TMCS(with base)＞HMDS

BSTFAとBSAの差はわずかです。TMSIは、ヒドロキシル基とは簡単に反応しますが、脂肪族の1級アミンとは全く反応しないなどの例外があります。トリメチルシリル化は加水分解を受けやすいという欠点があります。それを補うためにTMS基以外の官能基を導入したシリル化剤が用いられたり、ECDなどの高感度検出を目的としてハロゲン基を導入する手段がとられたりすることがあります。

最も一般的なシリル化剤で、シリル化可能な化合物すべてに適応できます。シリル化が進みにくい場合は、温度、反応時間を変えてください。水分を含んだ試料でも過剰量を加えることで反応させることも可能です。

TMSI-Cは、TMSIのピリジン溶液で水酸基に対して最も強いシリル化剤です。主に糖のシリル化を目的とし、多少の水分を含んだ試料でも反応させることができます。

BSTFAは、トリメチルシリル化に最もよく用いられている試薬です。BSTFAは、有機化合物の通常のプロトン性すべてに反応する非常に用途の広い試薬です。しかしある種のアミド、第二級アミン、立体障害のあるOH基などには反応しません。これらの官能基と反応させるためには、TMCSを加えると良いです。

MSTFAは、BSTFA同様にすべてのプロトン性の官能基に反応してシリル化することができ、MSTFAとその副産物は揮発性が高いため、GC分析の場合に特に有効です。